Gereja Toraja melalui Sidang Sinode Am ke-21 tahun 2002 di Palopo dengan suara bulat memutuskan untuk menyerahkan STT Rantepao kepada pemerintah sebagai salah satu upaya untuk menghadirkan perguruan tinggi negeri di Tana Toraja. Keputusan tersebut ditindaklanjuti sehingga pada tanggal 12 April 2004 presiden memutuskan untuk memberikan sebuah Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKN) di Toraja dengan Keputusan Presiden RI No. 27 Tahun 2004.  Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKN) Toraja berdiri dari cikal bakal Sekolah Teologi milik Gereja Toraja sebelumnya, yakni STT Rantepao yang didirikan oleh Gereja Toraja pada tanggal 1 Oktober 1964. Dengan dikeluarkannya Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 22 Tahun 2020, tanggal 27 Januari 2020 maka STAKN Toraja berubah menjadi Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Toraja.

          Demi mewujudkan visi sebagai perguruan tinggi yang menghasilkan kaum intelektual Kristen yang berkarakter Kristiani, maka STAKN Toraja waktu itu terus berbenah. Setelah 8 tahun berdiri, STAKN Toraja membuka Program Pascasarjana pada tahun 2012, pada program studi: Teologi Stratum Dua (S2), Pendidikan Agama Kristen Stratum Dua (S2), Kepemimpinan Kristen Stratum Dua (S2), dan Doktor Teologi Stratum Tiga (S3). Penyelenggaraan Program Pascasarjana STAKN Toraja dilaksanakan berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia dan SK Izin Penyelenggaraan masing-masing Program Studi dari Direktorat Jenderal BIMAS Kristen Kementerian Agama. Pada bulan Desember 2012, Dirjen Bimas Kristen mengeluarkan Surat Keputusan Izin Penyelenggaran Program Stratum 2 (S2) Kepemimpinan Kristen dengan nomor SK No.  DJ.III/Kep/HK.00.5/ 904 /2012; Stratum 2 (S2) Teologi dengan nomor SK DJ.III/Kep/HK.00.5/905/ 2012; Stratum 2 (S2) Pendidikan Agama Kristen dengan nomor SK DJ.III/Kep/HK.00.5/ 906 /2012.

       Sejak semester genap 2013, Program Pascasarjana STAKN Toraja menerima mahasiswa baru. Program Magister dirancang untuk memperlengkapi para mahasiswa dalam membangun kapasitas keilmuan dibidang Teologi, Pendidikan Agama Kristen, Kepemimpinan Kristen. Program Magister ini diharapkan akan melahirkan cendikiawan Kristen yang berpengetahuan luas, beriman, bermoral dan mampu berkontribusi maksimal bagi gereja, masyarakat, dan bangsa Indonesia.

          Program stratum 3 (S3) doktoral teologi dilaksanakan berdasarkan izin penyelenggaraan Keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama RI Nomor DJ III/Kep/HK.00.5/191/2015. Program doktoral dirancang untuk memperlengkapi para cendikiawan Kristen yang memiliki kapasitas keilmuan yang handal di bidang Teologi, Pendidikan Agama Kristen, Kepemimpinan Kristen. Program Doktoral ini diharapkan akan melahirkan mahasiswa yang cakap dalam mengimplementasikan nilai-nilai spritualitas, profesional, berintegritas serta mampu menjawab tantangan zaman.